Pôvodca kliešťovej vírusovej encefalitídy patrí do rodu flavivírusov. Virión je guľovitý, má priemer 40 – 50 nm, obsahuje RNA a dobre sa množí v mnohých tkanivových kultúrach. Z laboratórnych zvierat sú na vírus najcitlivejšie biele myši, škrečky, opice a bavlníkové potkany. Na vírus kliešťovej encefalitídy je náchylných aj mnoho domácich zvierat.