Aloimunitná alebo izoimunitná neutropénia novorodencov sa u plodu vyskytuje v dôsledku antigénnej nekompatibility neutrofilov plodu a matky. Izoprotilátky matky patria do triedy IgG, prenikajú placentárnou bariérou a ničia neutrofily dieťaťa. Izoprotilátky sú zvyčajne leukoaglutiníny, reagujú s bunkami pacienta a jeho otca, nereagujú s bunkami matky.