Pred viac ako 10 rokmi bol objavený gén, ktorého mutácie vedú k rozvoju formy ochorenia HIGM1. V roku 1993 boli publikované výsledky práce piatich nezávislých výskumných skupín, ktoré ukázali, že mutácie v géne ligandu CD40 (CD40L) sú molekulárnym defektom, ktorý je základom Xt-viazanej formy syndrómu hyper-IgM. Gén kódujúci proteín gp39 (CD154) - CD40L, je lokalizovaný na dlhom ramene chromozómu X (Xq26-27). Ligand CD40 je exprimovaný na povrchu aktivovaných T-lymfocytov.