Etomidát je karboxylovaný derivát imidazolu. Skladá sa z dvoch izomérov, ale iba 11(+)-izomér je účinnou látkou. Podobne ako midazolam, ktorý obsahuje imidazolový kruh, aj tieto liečivá podliehajú pri fyziologickom pH intramolekulárnemu preskupeniu, v dôsledku čoho sa kruh uzavrie a molekula sa stáva rozpustnou v lipidoch.