Kliešťovú encefalitídu spôsobuje flavivírus, ktorý prenášajú kliešte čeľade ixodid. Boli opísané prípady infekcie čerstvým mliekom. Po 10-dňovej inkubačnej dobe sa prejavuje ako nádcha, horúčka, bolesť hlavy, bolesti kĺbov a lézie CNS (encefalitída - 30 %, meningitída - 60 %, meningoencefalitída - 10 %). Očkovanie proti kliešťovej encefalitíde v endemických oblastiach viedlo k zníženiu výskytu.