Klinická diagnóza je spoľahlivá iba v prípade lobárnej pneumónie, avšak pravdepodobnosť pneumokokovej etiológie komunitnej pneumónie, otitis, sinusitídy je 60-80°. Diagnózu je možné overiť iba na základe výsledkov mikrobiologického vyšetrenia zodpovedajúceho biosubstrátu: v prípade nádchy - výtok z nosa (ster), v prípade otitis, sinusitídy - hnisavý exsudát, v prípade pneumónie - spúta, v prípade meningitídy - mozgovomiechový mok.