Liečba meningokokovej infekcie závisí od klinickej formy ochorenia. V prípade nazofaryngitídy je terapia symptomatická. Ak sa diagnóza potvrdí bakteriologicky, používa sa benzylpenicilín, ampicilín, cefalosporíny prvej a druhej generácie, chloramfenikol, pefloxacín v priemerných terapeutických dávkach počas 3 dní. Nemali by sa používať kotrimoxazol a aminoglykozidy, voči ktorým je väčšina v súčasnosti existujúcich kmeňov meningokokov rezistentná.