Detekcia patogénu má zásadný význam pre potvrdenie diagnózy pneumocystózy. Hlavným materiálom pre štúdiu je spútum, bronchiálne sekréty, výplachy získané počas bronchiálnej laváže alebo bronchoalveolárnej laváže, kúsky pľúcneho tkaniva odobraté počas transbronchiálnej, perkutánnej alebo otvorenej biopsie. Najčastejšie sa kvôli vážnemu stavu pacienta tieto manipulácie nevykonávajú, aby sa predišlo komplikáciám.