Príznaky malabsorpcie vitamínu B12 sa vyvíjajú od prvých mesiacov života dieťaťa. Zaznamenáva sa slabosť, bledosť, oneskorený fyzický vývoj, hnačka. Neurologické poruchy sa zaznamenávajú 6-30 mesiacov po objavení sa prvých príznakov: mentálna retardácia, neuropatia, myelopatia.