Niektoré typy autoimunitnej hepatitídy nemajú jasne identifikovanú príčinu, zatiaľ čo iné sú spojené so známymi látkami, ako je kyselina tienová (diuretikum), alebo s ochoreniami, ako je hepatitída C a D. Vo všeobecnosti má autoimunitná hepatitída neznámej etiológie dramatickejší klinický obraz s vyššou aktivitou sérových transamináz a hladinami γ-globulínu, histológia pečene naznačuje vyššiu aktivitu ako v prípadoch so známou etiológiou a lepšou odpoveďou na liečbu kortikosteroidmi.