Krymská hemoragická horúčka sa odlišuje od iných hemoragických horúčok, chrípky, leptospirózy, meningokokémie, týfusu, chirurgických ochorení so syndrómom „akútneho brucha“; ako aj od trombocytopenickej purpury (Werlhofova choroba) s charakteristickým subakútnym nástupom, absenciou teplotnej reakcie, hemoragickou vyrážkou od malých petechií až po veľké ekchymózy na ohybových plochách končatín, trupu, častým krvácaním z nosa a iným krvácaním, hypochrómnou anémiou, leukocytózou, trombocytopéniou a absenciou zmien v kardiovaskulárnom systéme.