Najčastejšími indikáciami pre transplantáciu rohovky sú bulózna keratopatia (pseudofakická, Fuchsova endoteliálna dystrofia, afakická), keratokonus, transplantácia tkaniva, keratitída (vírusová, bakteriálna, plesňová, akantamébová, perforačná) a stromálne dystrofie rohovky.