Vo väčšine prípadov diagnostického použitia ultrazvukovej dopplerografie by sa mala vykonávať spolu s transkraniálnou dopplerografiou. Výnimkou z tohto pravidla sú jedinci s nedostatočne vyjadrenými alebo úplne chýbajúcimi „temporálnymi“ oknami, ako aj pacienti, u ktorých je transkraniálna dopplerografia z iných dôvodov nemožná (7 – 12 % z celkového počtu subjektov).