Komplikácie žlčových ciest po transplantácii pečene sa vyvíjajú v 10 – 20 % prípadov. Patria sem striktúry, únik žlče, fistuly a cholangitída. Môžu sa pozorovať striktúry anastomóz spôsobené technickými chybami, zápalom v dôsledku úniku žlče a fibrózy a striktúry nesúvisiace s anastomózami, vytvorené nad anastomózou smerom k porta hepatis, v niektorých prípadoch spôsobené ischémiou žlčových ciest.