Všetky probiotiká sa delia do niekoľkých skupín v závislosti od toho, čo je základom klasifikácie. Probiotikum môže obsahovať niekoľko zložiek, v tomto ohľade sa rozlišujú monozložkové prípravky, ktoré majú iba jeden špecifický typ baktérií. Tieto mikroorganizmy sú nepochybne užitočné pre črevá, najmä pre mikroflóru.