Genóm HCV je reprezentovaný jednovláknovou pozitívne nabitou RNA, ktorá kóduje 3 štrukturálne (jadro nukleokapsidového proteínu a nukleoproteíny obalu E1-E2) a 5 štrukturálnych (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) proteínov. Pre každý z týchto proteínov sa syntetizujú AT, ktoré sa nachádzajú v krvi pacientov s vírusovou hepatitídou C.