Menštruačný cyklus odráža aktivitu systému hypotalamus-hypofýza-vaječníky, ktorá sa prejavuje štrukturálnymi a funkčnými zmenami v reprodukčnom trakte: maternici, vajcovodoch, endometriu a vagíne. Každý cyklus končí menštruačným krvácaním, ktorého prvý deň sa považuje za začiatok cyklu.